La principale menace qui pèse sur les autres milieux (réseau hydrographie, eaux stagnantes) et espèces (Loutre, Chiroptères, Amphibiens) du site sont :
- une exploitation forestière non adaptée (coupe rase, exploitation en période estivale, drainage, utilisation de produits phytosanitaires, traversée de cours d'eau) qui entrainerait la dégradation de la qualité de l'eau ou la modification du réseau hydrographique.
- l'introduction d'espèces concurentes.
- des activités motorisées fréquentes ou des activités de tourisme ou de chasse et pêche entrainant le dérangement de la faune du site.
Aussi, l'animation pour la gestion de ces milieux et espèces repose pour beaucoup dans l'amélioration de la connaissance et la sensibilisation et par la mise en place ou le soutien aux pratiques extensives, sans intrants.
Ainsi, la concertation et l'implication des acteurs socio-économiques dans les thématiques de gestion du site, la promotion et l'animation des Contrats Natura 2000 ou encore le respect du régime des incidences et le développement d'outils de communication et d'action de sensibilisation auprès du public constituent des volets important de l'animation de ce site.
Les Contrats Natura 2000 "non agricoles non forestiers"
Les propriétaires de surfaces ni agricoles ni foretières, peuvent s'engager dans la conservation et/ou la restauration des populations d'espèces d'intêret communautaire ou dans la limitation et/ou l'élimination d'espèces indésirable par la signature de contrats Natura 20000 dits "contrats ni-ni".
La mise en défens de berges par la pose de clôtures ou encore l'entretien des rigoles sont des exemples d'actions réalisables dans ce cadre.
L'articulation avec d'autres programmes de restauration des milieux naturels est possible, comme avec le Plan local agri-environnemental du Parc naturel régional de Millevaches en Limousin, qui a permis de financer des aménagements complémentaires aux travaux réalisés dans le cadre des contrats Natura 2000. C'est le cas par exemple d'une passerelle à bovins installée dans un parc de pâturage de la tourbière de la Naucodie.
La Charte Natura 2000
Tous les propriétaires fonciers de parcelles inclues dans le site Natura 2000, mais aussi les gestionnaires et usagers du site, peuvent également signer la Charte Natura 2000 du site. Ils s'engagent alors à respecter les bonnes pratiques décrites dans ce document (pas d'introcution volontaire d'espèces exotiques ou à caractère envahissant, pas d'utilisation de véhicules motorisés en dehors de ses activités forestières ou agricoles...).
Dans ce cas, la contre-partie financière correspondra à l'exonération de la taxe foncière sur les propriétés non-bâties et éventuellement dans certains cas à la simplification des démarches administratives (évaluation des incidences).
L'évaluation des incidences des projets
Les porteurs de projets pouvant avoir une incidence sur le site peuvent faire appel à l'animatrice du site pour obtenir des conseils et recommandations permettant de prendre en compte les enjeux du site lors de l'élaboration de leur projet. C'est le cas notamment lors de l'organisation de manifestations d'envergure type trail ou courses motorisées.